¿Puedo modificar las jornadas que se asignan a cada ronda una vez que se haya creado el torneo?

Sí, desde el apartado información/editar que encontrarás dentro del torneo. Recuerda que si editas rondas pasadas de una eliminatoria, tendrás que ponerte en contacto con el soporte de Biwenger para que reajuste el torneo.